程英不仅结婚了，还育有一女，此女便是黄衫女的母亲。程英与耶律齐在经年累月，朝夕相处中，在误以为郭芙已死后，终于结成了秦晋之好。
华山之巅，明月在天，清风吹叶，杨过拜别众人，携小龙女之手与神雕并肩下山，双双归隐古墓。
程英抬眼相望两人的背影，满眼尽是酸楚，不觉中眼眶微润。黄药师眼见程英稚弱无依，不由得起了怜惜之心，遂将其带在身边，回到了桃花岛。
黄药师年老孤寂，百无聊赖，幸有程英照顾的体贴入微，且又与其脾性相投，让黄药师再次尝到了久未再遇的温暖。黄药师由怜生爱，于是收程英为徒，将自己的一身的武学技艺倾囊相授。
杨过飞石击杀蒙哥十一年后，蒙古铁骑重新围困襄阳。郭靖黄蓉夫妇预感城破乃迟早之事，于是相邀黄药师前来襄阳相商城破后事宜。待到黄药师与程英马不停蹄地赶到襄阳，程英再一次见到了先来一步的杨过，不禁心头又是一酸。
此时大宋主昏臣庸，气数已尽，襄阳孤木难支，郭靖黄蓉夫妇镇守襄阳不过是尽人事、听天命而已，已无法改变大宋灭亡之局面。黄蓉料定大宋灭亡之后，汉人必不甘被蒙元统治，为日后汉人起兵驱逐鞑虏，于是制定了刀剑计划。
黄蓉决定将《武穆遗书》《九阴真经》《降龙十八掌》藏于桃花岛，藏书之所用玄铁片制成繁复曲折的地图，置于西方精金所铸的倚天剑、屠龙刀之中，以期有缘之人按图索骥拿到秘笈兵书，推翻蒙元政权，光复大宋。
一切安排妥当，黄药师与程英先行一步，携带兵书秘笈赶回桃花岛，将之安放于地图所示之处。
待到黄药师与程英刚将秘笈兵书安放妥当，身负重伤的耶律齐孤身一人来到了桃花岛，并带来了襄阳城破，郭靖黄蓉夫妇及郭破虏以身殉国，屠龙刀遗失疆场，郭芙下落不明，唯有郭襄突围求救于临安才躲过一劫的消息。
黄药师闻之泣不成声，痛切心骨，夜不能寐，身体每况愈下，幸有程英、耶律齐悉心照顾，心情才稍得平复。
耶律齐终是挂念妻子郭芙，几欲出岛寻找，然而黄药师风烛残年，时日无多，也就暂时作罢。
翌年，黄药师终因油尽灯枯，溘然长逝，程英、耶律齐大恸不已。两人将黄药师埋葬之后，并让程英的表妹陆无双来到桃花岛，守护岛上宝藏，双双出岛寻找郭芙及遗失的屠龙刀。
二人来到终南山古墓，但古墓长闭，矮松杂草，满布藤蔓，杨过与小龙女更是不知所终，郭芙也是杳无踪迹，耶律齐心有不安，妻子早已不在人世，只是心存一丝期盼罢了。欣慰的是耶律齐联络到了旧部丐帮，并与郭襄取得了联系。
此时，宋室新亡，不堪忍受异族欺辱的江南士民，在在武林豪杰的率领下，暗杀暴动此起彼伏，激烈异常。耶律齐登高一呼，在江南一带大起义师，截击南下的鞑兵。
程英与耶律齐、郭襄几度并肩作战，多次在千军万马中死里逃生，饶是如此，终因敌众我寡，南人的反抗也渐渐被蒙元平定下来。
程英与耶律齐只得重回桃花岛，守护岛上宝藏，以期他日有旷世英雄横空出世，取得岛上宝藏，推翻蒙元，光复大宋。
经年累月中，耶律齐与程英互生情愫，在断定郭芙已不再人世之后，二人终于结成了秦晋之好。次年，二人之女耶律暮云诞生。
待到耶律暮云年方十二之时，忽闻郭襄伤重，耶律齐与程英双双来到了郭襄创派的峨眉山。
郭襄见到二人顿时泪流满面，泣不成语。郭襄所伤居然是郭破虏所致。原来襄阳城破之时，郭破虏身负重伤被蒙元所俘，年迈的哲别终是不忍安达的孩子被害，于是恳求忽必烈将之囚于大都。
花甲之年的华筝，从年轻的郭破虏身上依稀看到了郭靖大漠时的模样，不禁想起年轻时的诸多往事，以至泪流满面。
华筝虽然对郭破虏隐瞒了其父母双亡的消息，但是，郭破虏还是在一年以后得知了父母以身殉国、南宋灭亡，以至性情大变，心智失常。
华筝见状，于是恳求哥哥释放了郭破虏，建道馆于西域，让其居于此处，修养身心，以其延年，并授以道号百损道人。
这年，郭襄忽闻屠龙刀出现于西域，于是只身前往。当郭襄冲入道馆，见榻上一人束发盘髻，青兰道袍，年纪与自己相仿，甚是眼熟，遂上去查看，不想这百损道人竟猛然出掌，拍向自己。
郭襄虽口出鲜血，但也认出了此人便是自己的同胞弟弟郭破虏，于是惊呼，喊其乳名。可能是这一喊，唤醒了郭破虏的少许记忆，郭破虏双眼微润，破窗而出。
郭襄浑浑噩噩地回到峨眉后，自己命不久矣，这才通知耶律齐前来安排后事。
讲到此处，脸色苍白的郭襄面带微笑，郭破虏虽身为"侠之大者"郭靖的独子，却自幼没有得到家里长辈及姐姐们的疼爱，一生中只有笼罩在家族巨大的光环之下，如此淳朴，善良的少年遭逢父母殉城，亲朋罹难的大劫，能大难不死已是万幸，今知道郭破虏心智失常，如行尸走肉一般，却能苟活于世，已已强于百倍千倍常人的命运多舛。
当郭襄得知耶律齐与程英已成眷属，献上深深的祝福后，面带微笑地离开了人世。
耶律齐与程英悲恸欲绝，在料理完郭襄后事之后，二人正要返回桃花岛，见郭襄的徒弟风陵师太欲言又止，遂问其因。
当初，还是俗家弟子的风陵师太奉师父之命，寻找屠龙刀时，偶遇一白衫男子，眉目如画，风度翩翩，于是二人结伴同行。风陵师太见其谈吐儒雅，见多识广，不禁暗生情愫。
待到二人分别之时，白衫男子不知因何事喝得酩酊大醉，风陵师太照顾之时，情不自禁，竟有了云雨之欢。二人分别之后，风陵师太发现自己已怀有了身孕。
后来，风陵师太悄悄生下一子，现已有五岁，寄养于山下农户家中。现郭襄去世，自己必将接掌峨眉衣钵，此事被天下人所知，必会有辱峨眉声誉，希望耶律齐程英夫妇能将其收养，带回桃花岛。
耶律齐夫妇自然是欣然允诺，遂问起白衫男子之名。风陵师太只知其名叫阳顶天，明教中人。于是程英给此男孩起名杨逍，带回到了桃花岛，并亲授其武学，以期将来杨逍能出人头地。
白驹过隙，匆匆数年，杨逍已年满十二，耶律暮云也已刚及弱冠。耶律齐听闻明教异军突起，几乎与中原武林能相抗衡，有心欲说服其能抗击蒙元，又想到杨逍身世，决定远赴西域一试。
由于程英要在桃花岛继续守护宝藏，自是不能与之同往，于是让其带上杨逍让其父子团聚。耶律暮云从未踏入过江湖，硬要一同随往，耶律齐初期不许，程英扭她不过，也就随她而去。
耶律齐带着耶律暮云与杨逍一路爬山涉水，半年之后终于到达了西域。当耶律齐上得光明顶，见到阳顶天母亲之后，二人不禁抱头痛哭。
原来，阳顶天的母亲竟是耶律齐以为失踪的前妻郭芙，而其父则是神雕大侠杨过。
当初，襄阳被困时，杨过积集一批江湖能人异士驰援襄阳后，自己因小龙女待产之际，不得不提前离开了襄阳。
襄阳城破，武学造诣不在黄药师之下的能人异士烟波钓叟，拼死保护郭芙，突出重围，本想东去桃花岛或北上终南山，然前有关卡重重，后有蒙元追兵，不得已只得将郭芙带到了凉州史家兄弟的万兽山庄。
蒙元为报昔日蒙哥被杨过飞石击杀之仇，屡屡派蒙古铁骑围剿古墓，但因古墓机关重重，每每都无功而返。
杨过与小龙女不堪其扰，于是抱着尚在襁褓中的长子杨思忘，放下古墓的断龙石，远赴西域，前往义父欧阳锋昔日的白驼山而去。
途经凉州之时，杨过意欲拜访昔日故人史家兄弟，不想竟在这里遇到了避祸的郭芙。
郭芙听闻到父母双亡，丈夫不知所踪，不禁潸然泪下，亏得有小龙女暖语安慰，郭芙的心境才稍有平复。
小龙女见郭芙孤身一人，寄人篱下始有不便，于是相邀一起来到了西域白驼山。
可是小龙女终因舟车劳顿，产后体虚，刚到白驼山便撒手人寰，离开人世。杨过将小龙女葬在白驼山摩崖洞后，终日郁郁寡欢，不思水米。
郭芙虽痛心不已，却又无可奈何，只得默默地照顾着杨过的起居，接下小龙女身为母亲的责任，照看起尚在襁褓的杨思忘。
两人本因杨过断臂一事，始有芥蒂，不能释怀，但二人自幼同在桃花岛长大，那时便互有情愫，只不过是造化弄人，阴差阳错之下郭芙嫁给了耶律齐。
待到杨思忘五岁之时，郭芙虽也派人打问丈夫的情形，却也毫无头绪，直以为耶律齐已血洒疆场。
此时，杨过也已从悲痛之中走了出来，同是天涯沦落人的二人，也在昔日满怀的不了情中，更多了几分牵挂，如今都有心，怎能再无心？历经磨难的郭芙和杨过终于走到了一起。次年，二人之子杨破天呱呱坠地。
杨过唯恐杨破天之名会引起蒙元猜忌，暴露自己藏身于西域的行踪，遂给其易名阳顶天，意为顶天立地。
此时的西域虽然远在西荒，却并非静水一湾，各方势力龙蛇混杂，犬牙相错，呈现出云谲波诡，暗潮涌动之态。
杨过偶然通过烟波钓叟认识了，因丢失圣火令而内部纷争不断的明教教主衣琇，二人一见如故。衣琇听从杨过建议，更改教义，以抗击蒙元为宗旨，更是当杨过将白驼山让给明教，并将之改名光明顶之后，一时间 ，明教如日中天，几欲与中原武林呈分庭抗礼之势。
衣琇退位后，将教主一职传位于阳顶天，阳顶天更是才华出众，明教一度达到了中兴。
耶律齐得知郭芙遭遇如此坎坷曲折，唏嘘感叹不已。杨过得知耶律齐与程英终结连理，也是喜出望外，为这个既见君子，云胡不喜的义妹有个好的归宿，深感欣慰。
当耶律齐说出杨逍身世后，阳顶天也为自己昔日做得糊涂之事，愧疚不已。而郭芙得知杨逍之母竟是郭襄之徒，也是感慨造化弄人。
数月之后，当耶律齐留下杨逍准备带着耶律暮云返回桃花岛之时，温文儒雅，不善言语的小龙女之子杨思忘，恳请父亲，想将其母亲的骨灰重新安放于终南山古墓。
杨过自然也是欣然允诺，让其随耶律齐父女一同前往中原。就在出发之际，烟波钓叟带着自己的两个徒弟成昆与柳芯茹来到了光明顶。耶律齐极是感谢烟波钓叟当年对郭芙的照顾。
耶律齐一行三人，重回中原途中，那里会想到耶律暮云与杨思忘一见钟情，并且日后二人会结为夫妇，生下了风姿绰约，容貌极美的黄衫女杨瑶琴。
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